・３Dフィールド
・爆風が立体円形
・カメラ視点を自分で調整可能
・アイテムを取らなくてもボム投げ、キックができる。
・新技・溜めボムができる。
・ハートのストックはアイテムで１個まで持てる。
・ストーリーモードをプレイできるのは一人。
・水やマグマに落ちると即死。

ボンバーマンの住む平和な筈のボンバー星に突如襲来した侵略者を倒しに行く話。
ボンバーマンは謎の戦士シリウスと協力して敵の浮遊基地へ乗り込むことになる。
シリウスの助言を受けながら基地を攻略し、敵の本拠地を目指す。

・３Dフィールド
・爆弾の種類が複数ある。
・爆風が立体円形のものと十字のものがある。基本ボムは十字。
・カメラ視点を自分で調整できない。
・アイテムを取らないとボム投げ、キックができない。
・溜めボムができる。
・機数はショップで買うことによって１０まで増やせる。
・ストーリーモードは２人までプレイできる。
・深い水やマグマに落ちると即死。
　

B.H.B団という悪の組織に捕われたボンバーマンがそこからの脱出を目指す話。
B.H.B団から逃れるには、彼らの支配する７つの各惑星を回らなければならない。
宇宙軟体生物・ポミュと協力しながら敵と戦う。